ב-1999 הקים את מפלגת "ישראל ביתינו", מפלגה בעלת אופי לאומי ימני, שפנתה בעיקר לציבור העולים. המפלגה זכתה לארבעה מנדטים, וליברמן נבחר לכהן כחבר כנסת.
במסגרת מה שכונה "איחוד השורות במחנה הלאומי", חברו סיעות "ישראל ביתינו" ו"האיחוד הלאומי" לסיעה אחת, על מנת להגדיל את כוחם הפרלמנטרי. בראש הסיעה עומד
ח"כ בני אלון.
בכנסת מכהן ליברמן כחבר בוועדת החוץ והביטחון.