מלבד עיסוקיו בהפקה, נפתלי אלטר ידוע גם כמלחין פזמונים ומוזיקה לסרטים. בין הזמרים להם הלחין שירים: אושיק לוי, "הגשש החיוור", נורית גלרון, חנן יובל ודני ליטני.
אלטר אחראי למוזיקה ברוב הסרטים שהפיק וביים. הפסקול שכתב לסרטו של אסי דיין, "החיים על פי אגפא", זכה בפרס האקדמיה הישראלית לקולנוע.