ב - 1992 התמנה נפתלי אלטר למנהל ההפקות ב"קרן לעידוד קולנוע איכותי" והיה אחראי על הניהול הכספי, ההפקתי והמשפטי. בין השנים 1994 ל - 1998 כיהן אלטר כמנכ"ל הקרן לעידוד קולנוע איכותי. בתקופת כהונתו גדל תקציב הקרן פי 4, הופקו למעלה מ - 70 סרטים עלילתיים וסדרות טלוויזיה. ב - 1998 פרש אלטר מניהול הקרן ועסק בהוראת קולנוע.