לאחר ההעדרות ארוכה הלהקה חוזרת ב-1992 עם אלבום חדש "Honey's Dead" ללא הארט. הסינגל החדש "Reverence" מתוך האלבום הקנה להם הכרה מחודשת בזכות שורות הפתיחה שהיו:"I wanna die like Jesus Christ "
ב-1994 הם מוציאים אלבום נוסף " Stoned and Dethroned" עדין וברוב אקוסטי. האלבום הגיע למצעד הפיזמונים האמריקאי בזכות הלהיט "Sometimes Always".
שנה אחריו מוציאה הלהקה עוד אוסף של הקלטות נדירות "The Jesus and Mary Chain Hate Rock n' Roll" כשהוא מככב בזכות הלהיט "I Hate Rock n' Roll".
ב-1998 הם מוציאים אלבום נוסף "Munki" בו הצלילים הכבדים והאפלים שאפיינו אותם בעבר שולטים. את יציאת האלבום מלווה מסע הופעות ובמהלכו עוזב וויליאם ריד את הלהקה.
ב-1999 מכריזה הלהקה על התפרקותה באופן רישמי.