במהלך שנות הנשמונים רוכש זאפה את זכויות היוצרים של אלבומיו הראשונים ומוציא אותם מחדש.
ב-1988 הוא כותב את האוטוביגרפיה שלו ויצא לסיבוב הופעות חובק עולם.
ב-1991 נודע שזאפה חולה באופן קשה בסרטן אך למרות זאת הוא ממשיך להוציא אלבומים.
זאפה נפטר ב-1993 כשהוא משאיר אחריו מספר אלבומים מוכנים שטרם יצאו.