יצירת המופת ומפעל חייו של הרודוטוס, ה"היסטוריה", נודעה ברבים כבר ב- 425 לפנה"ס.
את תכלית מחקרו שוטח הרודוטוס בפני קוראיו כבר בפסקה הראשונה של החיבור: זהו תיאור חקירתיו של הרודוטוס מהאליקארנאסוס [...]. כדי שלא ימחו במרוצת הזמן פעלי בני האדם, ולא ישארו ללא זכר מעשיהם הגדולים והמפורסמים, הן אלה שעשו היוונים והן אלה של הברברים, ובייחוד סיבותיהן של המלחמות שנלחמו אלה באלה."
על-פי פיסקת הפתיחה, ניתן להבין כי הרודוטוס רואה חשיבות גדולה בשמירת סיפורי העבר למען העתיד.
אלמנט חשוב נוסף אותו ניתן למצוא בפסקה הפותחת, הוא הזכרת הברברים, דהיינו - הלא-יוונים; הרודוטוס מבהיר, שאינו מתעתד להביא בפני הקורא את תולדות יוון בלבד אלא גם את מעשיהם "הגדולים והמפורסמים" של הברברים. יצויין, כי באותה עת, נתפסו העמים הלא-יוונים כסוחרים נחותים או אויבים פוטנציאלים בלבד (למעט מקרים מעטים בהם הושפעו היוונים הקדומים מן התרבות הפיניקית ותרבויות אחרות). דיווחיו של הרודוטוס הציגו את הברברים באור חדש ואנושי, כשווי ערך, ניכר שמצא יופי ועניין במסורת הזרה, וקיווה, אולי, שהחשיפה לשונה תוכל לשמש אספקלריה לעולם היווני המוכר.
ב"היסטוריה" מעניק הרודוטוס לקוראיו מעין רומן היסטורי, המתובל במעט פילוסופיה, ספרות, מסורת, רכילות, אמונה, אלגוריות וקורטוב הומור.
מבנה החיבור מורכב: עיקר הספר עוסק במלחמות הפרסים בין 499-479 לפנה"ס. חלקה הראשון של היצירה מהווה מעין מבוא לנושא העיקרי, ופורשת את תולדות פרס עד שנת 500 לפנה"ס.
החיבור כולו, כפי שמצוי בידינו כיום, מחולק לתשעה ספרים, כאשר שמו של כל ספר הוא שמה של אחת מן המוזות מן המיתולוגיה היוונית.
אולם הרודוטוס איננו מתעניין רק בתולדות המלחמה, אלא גם בסיבותיה.
את מקור האיבה בין היוונים לפרסים, מאתר ההיסטוריון למלחמת טרויה והמאורעות אשר קדמו לה.
את הגורמים אשר הביאו למלחמה, מפרט הרודוטוס באופן נרחב, ודומה כאילו מביא לפני הקורא פרשנות של ממש. בתארו גורמים אלו, מביא הרודוטוס מאורעות הנראים יותר כאנקדוטות וסיפורי פולקלור, מאשר עדות היסטורית.
אך בל יטעה הקורא להאמין, כי הטקסט לפניו איננו אלא אסופה של סיפורי פולקלור ומיתוסים. הרודוטוס עצמו חש צורך לרמוז על היות מקורו סובייקטיבי, בהדגישו את העמדה מנגד. ניתן לחוש לכל אורך היצירה את מחוייבותו של הרודוטוס לאמת ההיסטורית, אולם בד בבד, מצליח ההיסטוריון, כלהטוטן המגלגל שלשה כדורים באוויר, ליצור מעין יחסי גומלין בין המסורת, האמת ודעתו שלו.
ערכה הספרותי של היצירה, לא יסולא בפז, כמו גם ערכה ההיסטורי והאנתרופולוגי. ה"היסטוריה" להרודוטוס היא מחקר היסטורי ואנתרופולוגי מקיף ותקדימי, והרודוטוס מהווה למעשה את ההיסטוריון היווני, וככל הנראה גם האירופאי, הראשון.