רטוש המשיך בשליחותו הכנענית, חרף התפרקות הקבוצה. הוא לא חדל מלפרסם מאמרים ולשאת נאומים בזכות העבריות החדשה.
אולם את שנותיו האחרונות מאפיין דווקא פועלו הספרותי והפילולוגי; במהלך חייו טבע מעל 4000 חידושים לקסיקוניים (רבים מהם נתפרסמו בין השנים 1966-1969).
לאחר מלחמת ששת הימים פירסם את מסתו "1967 - ומה הלאה?" וערך את "מניצחון למפולת", אוסף מאמרים ברוח האידיאולוגיה הכנענית.
בשנת 1970 הוענק לו פרס היצירה מטעם ראש-הממשלה.
יונתן רטוש נפטר ב- 25 באוגוסט 1981.